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teaching:2019winter:applcompgenomics [2019/09/16 10:56]
rwittler [Schedule (draft)]
teaching:2019winter:applcompgenomics [2020/09/14 08:26] (current)
rwittler
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 Cedric Chauve -- guest lecturer (Internationales Gastdozentenprogramm)\\ Cedric Chauve -- guest lecturer (Internationales Gastdozentenprogramm)\\
-//​Department of Mathematics,//​\\ +//​Department of Mathematics,//​ 
-//Simon Fraser University, Burnaby, BC, Canada//+//Simon Fraser University, Burnaby, BC, Canada//\\ 
 +cedric.chauve@sfu.ca
  
 === Block seminar === === Block seminar ===
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   * 10.–14.02.2020   * 10.–14.02.2020
  
-===== Schedule (draft) ​=====+===== Course Materials ======
  
-^ First block ^^^^ +... can be found in [[https://github.com/​cchauve/​Bielefeld-block-seminar-on-Applied-Comparative-Genomics|this github repository]].
-|Mon| 16.09.| 10-12h | OverviewThe genomes of 16 Anopheles mosquitoes | +
-|Tue| 17.09.| 10-12h | | +
-|Wed| 18.09.| 10-12h | | +
-|Thu| 19.09.| 10-12h | | +
-|Fri| 20.09.| 10-12h | | +
-| |||| +
-|Mon| 21.09.| 10-12h | | +
-|Tue| 22.09.| 10-12h +
-|Wed| 23.09.| 10-12h | | +
-|Thu| 24.09.| 10-12 and 13-15h | | +
-|Fri| 25.09.| --- | |+
  
-Second ​block ^^^^ +===== Schedule ===== 
-|Mon| 10.02.| 10-12h | | + 
-|Tue| 11.02.| 10-12h | | +First block (16.–27.09.2019) ​                                                                       |||| 
-|Wed| 12.02.| 10-12h | | +| Mon                           | 16.09. ​ | 10-12h ​  | Overview: The genomes of 16 Anopheles mosquitoes ​ | 
-|Thu| 13.02.| 10-12 and 13-15h | +| Tue                           | 17.09. ​ | 10-12h ​  | Data quality ​                                     | 
-|Fri| 14.02.| --- | |+| Wed                           | 18.09. ​ | 10-12h ​  | The //gambiae// phylogeny ​                        | 
 +| Thu                           | 19.09. ​ | 10-12h ​  | Use synteny for gene family analysis ​             | 
 +| Fri                           | 20.09. ​ | 10-12h ​  | Open reading ​                                     | 
 +|                                                                                                     ​|||| 
 +| Mon                           | 23.09. ​ | 10-12h ​  | Open reading ​                                     | 
 +| Tue                           | 24.09. ​ | 10-12h ​  | Gene-tree species-tree reconciliation ​            | 
 +| Wed                           | 25.09. ​ | 10-12h ​  | Fabian: Synteny blocks ​                           | 
 +| Thu                           | 26.09. ​ | 10-12h ​  | Jan: Improving Scaffolding ​                       | 
 +|                                                  ||| Andreas: OrthoDB (BUSCO) ​                         | 
 +|  .                                     ​|| ​ 13-15h ​ | Feedback ​                                         | 
 +| Fri                           | 27.09. ​ | ---      |                                                   | 
 + 
 +Second block (10.–14.02.2020) ​                                                                               |||| 
 +| Mon                            | 10.02. ​ | 10-12h ​ The genome rearrangement landscape ​                        
 +| Tue                            | 11.02. ​ | 10-12h ​ Handling duplications / Small parsimony problem (SPP)      ​
 +| Wed                            | 12.02. ​ | 10-12h ​ Ancestral gene orders in a model-free framework ​           ​
 +| Thu                            | 13.02. ​ | 10-12h  | Joint scaffolding ​and ancestral gene order reconstruction  ​
 +| Fri                            | 14.02. ​ 10-12h  ​Student talks                                              ​|
  
  
teaching/2019winter/applcompgenomics.1568631408.txt.gz · Last modified: 2019/09/16 10:56 by rwittler