Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision
Previous revision
Last revision Both sides next revision
teaching:2019winter:applcompgenomics [2019/09/17 09:11]
rwittler [Table]
teaching:2019winter:applcompgenomics [2020/02/10 10:55]
rwittler [Table]
Line 2: Line 2:
  
 Cedric Chauve -- guest lecturer (Internationales Gastdozentenprogramm)\\ Cedric Chauve -- guest lecturer (Internationales Gastdozentenprogramm)\\
-//​Department of Mathematics,//​\\ +//​Department of Mathematics,//​ 
-//Simon Fraser University, Burnaby, BC, Canada//+//Simon Fraser University, Burnaby, BC, Canada//\\ 
 +cedric.chauve@sfu.ca
  
 === Block seminar === === Block seminar ===
Line 16: Line 17:
 ===== Schedule (draft) ===== ===== Schedule (draft) =====
  
-^ First block                                                                                 ​|||| +^ First block (16.–27.09.2019) ​                                                                       ​|||| 
-| Mon          | 16.09. ​ | 10-12h ​           | Overview: The genomes of 16 Anopheles mosquitoes ​ | +| Mon                           ​| 16.09. ​ | 10-12h ​  ​| Overview: The genomes of 16 Anopheles mosquitoes ​ | 
-| Tue          | 17.09. ​ | 10-12h ​           | Data quality ​                                     | +| Tue                           ​| 17.09. ​ | 10-12h ​  ​| Data quality ​                                     | 
-| Wed          | 18.09. ​ | 10-12h ​           | The //gambiae// phylogeny ​                        | +| Wed                           ​| 18.09. ​ | 10-12h ​  ​| The //gambiae// phylogeny ​                        | 
-| Thu          | 19.09. ​ | 10-12h ​           T.B.A. ​                                           ​+| Thu                           ​| 19.09. ​ | 10-12h ​  ​Use synteny for gene family analysis ​             ​
-| Fri          | 20.09. ​ | 10-12h ​           | Open reading ​                                     | +| Fri                           ​| 20.09. ​ | 10-12h ​  ​| Open reading ​                                     | 
-                                                                                            ​|||| +                                                                                                    ​|||| 
-| Mon          | 23.09. ​ | 10-12h ​                                                             ​+| Mon                           ​| 23.09. ​ | 10-12h ​  ​Open reading ​                                     ​
-| Tue          | 24.09. ​ | 10-12h ​                                                             ​+| Tue                           ​| 24.09. ​ | 10-12h ​  ​Gene-tree species-tree reconciliation ​            
-| Wed          | 25.09. ​ | 10-12h ​                                                             ​+| Wed                           ​| 25.09. ​ | 10-12h ​  ​Fabian: Synteny blocks ​                           ​
-| Thu          | 26.09. ​ | 10-12 and 13-15h ​ |                                                   ​+| Thu                           ​| 26.09. ​ | 10-12h   | Jan: Improving Scaffolding ​                       | 
-| Fri          | 27.09. ​ | ---               ​|                                                   |+|                                                  ||| Andreas: OrthoDB (BUSCO) ​                         | 
 +|  .                                     ​||  ​13-15h ​ | Feedback ​                                         ​
 +| Fri                           ​| 27.09. ​ | ---      |                                                   |
  
-^ Second block ^^^^ +^ Second block (10.–14.02.2020) ​                                                                               |||| 
-|Mon| 10.02.| 10-12h | | +| Mon                            | 10.02. ​ | 10-12h ​ The genome rearrangement landscape ​                        
-|Tue| 11.02.| 10-12h | | +| Tue                            | 11.02. ​ | 10-12h ​ Handling duplications / Small parsimony problem (SPP)      ​
-|Wed| 12.02.| 10-12h | | +| Wed                            | 12.02. ​ | 10-12h ​ Ancestral gene orders in a model-free framework ​           ​
-|Thu| 13.02.| 10-12 and 13-15h | +| Thu                            | 13.02. ​ | 10-12h  | Joint scaffolding ​and ancestral gene order reconstruction  ​
-|Fri| 14.02.| --- | |+| Fri                            | 14.02. ​ 10-12h  ​Student talks                                              ​|
  
  
teaching/2019winter/applcompgenomics.txt · Last modified: 2020/09/14 08:26 by rwittler