User Tools

Site Tools


Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision
Previous revision
cds [2017/11/13 07:58]
tischulz
cds [2017/11/19 16:34] (current)
jensstoye [Schedule]
Line 7: Line 7:
  
 | Organized by: | Faculty of Technology, GRK 1906 DiDy | | Organized by: | Faculty of Technology, GRK 1906 DiDy |
-| Place:| Bielefeld University, ​rooms V2-105/115 |+| Place:| Bielefeld University, ​main building, room V2-105/115 |
 | Date:| November 20-22, 2017 | | Date:| November 20-22, 2017 |
 \\ \\
Line 21: Line 21:
  
 **Tuesday, November 21st** **Tuesday, November 21st**
-| 9h30 | Annalisa Marsico | Statistical Models of post-transcriptional gene regulation |+<del>9h30</​del> ​<del>Annalisa Marsico</​del> ​<del>Statistical Models of post-transcriptional gene regulation</​del>​ (//​postponed//​) ​|
 | 14h00 | Tobias Marschall | Towards haplotype-resolved genome assembly -- or how to solve multiple jigsaw puzzles simultaneously | | 14h00 | Tobias Marschall | Towards haplotype-resolved genome assembly -- or how to solve multiple jigsaw puzzles simultaneously |
  
Line 27: Line 27:
 **Wednesday,​ November 22nd** **Wednesday,​ November 22nd**
 | 9h30 | Stephan Schiffels | Unlocking human history - Computational methods for demographic inference from genome sequences | | 9h30 | Stephan Schiffels | Unlocking human history - Computational methods for demographic inference from genome sequences |
-| 14h00 | Alexander Schönhuth | |+| 14h00 | Alexander Schönhuth | Genome Data Science ​|
  
 \\ \\
Line 89: Line 89:
  
 \\ \\
 +
 +**Genome Data Science**
 +
 +//by Alexander Schönhuth//​
 +
 +Die modernen Sequenziertechnologien haben die Biologie, und
 +insbesondere die Genomik mit sintflutartigen Datenmengen konfrontiert.
 +Die Konsequenzen sind gewaltig, nicht nur in Hinsicht auf die sich
 +dadurch ergebenden Chancen in punkto Lebensdauer und -qualität,
 +sondern auch hinsichtlich der der Data Science zuzurechnenden
 +Herausforderungen. In meinem Vortrag werde ich zwei gegenwärtig ​
 +dominante Themenkreise ansprechen.
 +
 +Zum Ersten werde ich besprechen, wie man Cliquen in
 +Genom-Assembly-Graphen zügig enumerieren kann, um diese dann dazu
 +benutzen, um Virusgenome zu rekonstruieren. Diese Vorgehensweise der
 +Rekonstruktion von Virusgenomen ist neu. Die Ergebnisse zeigen, dass
 +dieser Data-Mining-orientierte,​ streng datenbezogene Ansatz
 +entscheidende Vorteile im Abgleich mit (weniger datenbezogenen)
 +State-of-the-Art-Methoden hat.
 +
 +Zweitens werde ich besprechen, wie man DNA-Sequenz -- und auch
 +Sequenz im Allgemeinen -- mit Hilfe von Hilbert-Kurven repräsentieren
 +kann, um sie mit Deep Convolutional Neural Networks zu klassifizieren.
 +Convolutional Neural Networks haben in letzter Zeit insbesondere in
 +der Bildanalyse grosse Erfolge gefeiert. Die Idee ist, solche Erfolge
 +in der DNA-Sequenzanalyse zu reproduzieren. Hilbert-Kurven haben
 +aufgrund ihrer charakterisierenden Eigenschaften das Potenzial, Sequenz
 +in Bilder zu verwandeln, so dass die Stärken der Konvolution optimal
 +ausgenutzt werden, was sich in den entsprechenden Ergebnissen
 +niederschlägt.
 +
 +
 +
cds.1510559929.txt.gz · Last modified: 2017/11/13 07:58 by tischulz